ZAŁOŻENIA
Głównym celem projektu PureApta był rozwój, optymalizacja i wdrożenie platformy technologicznej do selekcji unikalnie modyfikowanych, krótkich cząsteczek DNA (aptamerów), które specyficznie oddziałują z różnymi celami molekularnymi.
OPIS
Aptamery są opartą na oligonukleotydach alternatywą dla przeciwciał. Co ważne, różnią się od przeciwciał tym, że są tańsze w produkcji, mniejsze, odporne na trudne warunki, mają zdolność samoistnej renaturyzacji i wykazują niską immunogenność. Projekt PureApta posłużył do opracowania innowacyjnej platformy technologicznej, która wspomaga programy badawcze mające na celu identyfikację aptamerów jako leków celowanych lub cząsteczek o potencjalnym zastosowaniu diagnostycznym.
Platforma PureApta oparta jest o technologię SELEX (Systematic Evolution of Ligands by EXponential enrichment). Cele molekularne aptamerów obejmują małe cząsteczki, białka, antygeny, a nawet całe komórki. Eksperymenty selekcyjne przeprowadzone z wykorzystaniem platformy PureApta naśladują ewolucję poprzez wybór w kolejnych rundach, coraz lepiej wiążących aptamerów, zwieńczeniem czego jest identyfikacja aptamerów, które specyficznie oddziałują z wybranymi celami molekularnymi.
Dla zwiększenia prawdopodobieństwa sukcesu selekcji w porównaniu ze standardową procedurą SELEX platforma PureApta wprowadza unikalne nukleotydy modyfikowane za pomocą reakcji „click chemistry”. Te wyjątkowe modyfikacje zostały zaprojektowane w celu zwiększenia repertuaru oddziaływań pomiędzy aptamerem a celem molekularnym. Aby zapewnić selekcję specyficznych dla celu aptamerów, wprowadza się etapy intensywnej selekcji negatywnej (kontrselekcji) w celu wyeliminowania niewiążących i/lub słabo wiążących oligonukleotydów. Całą procedurę selekcji można precyzyjnie kontrolować, umożliwiając dostosowanie warunków do konkretnych potrzeb danej kampanii. Procedury selekcji kończą się sekwencjonowaniem nowej generacji (NGS) i analizą danych bioinformatycznych w celu zidentyfikowania najbardziej obiecującego aptameru(ów).
Dzięki nowatorskim rozwiązaniom i ulepszeniom istniejących komponentów skrócono czasy selekcji z wykorzystaniem platformy PureApta, jednocześnie zwiększając prawdopodobieństwo odkrycia specyficznych aptamerów.
Skuteczność platformy została potwierdzona i zweryfikowana na podstawie kilkudziesięciu selekcji przeprowadzonych w licznych projektach badawczo-rozwojowych.
POSTĘPY PROJEKTU
Projekt zakończony. Opatentowany został sposób syntezy i oczyszczania unikalnych, modyfikowanych chemicznie nukleotydów, które są główną zaletą opracowanej platformy.
INFORMACJE O PROJEKCIE
Tytuł: Innowacyjna modularna platforma usługowa PureApta do selekcji modyfikowanych aptamerów o zastosowaniu diagnostycznym i terapeutycznym
Program: Program Operacyjny Inteligentny Rozwój 2014-2020
Wartość: PLN 2 327 629,50
Wkład Funduszy Europejskich: PLN 1 807 003,90
Start: 1 września 2016
Koniec: 28 lutego 2019
